Diante da entrada em vigor da Emenda Constitucional 62/09, tornam-se necessárias medidas práticas para a efetividade da atual regra jurídica que dá a possibilidade de um regime especial para pagamento de Precatório Federal Alimentar. Ressalta-se que a Emenda, em alguns aspectos, alterou definitivamente a regra do Precatório Federal Alimentar à luz do artigo 100 da Carta Magna e, sob outros enfoques, em caráter transitório, possibilitou ao devedor um regime especial para quitar a dívida (artigo 97 do Ato das Disposições Constitucionais Transitórias). 
Em razão do novo regime instituído, o Estado de São Paulo passará a disponibilizar para pagamento de Precatório Federal Alimentar 1,5% da receita corrente líquida. Deste valor, 50% serão destinados ao pagamento de acordo com ordem cronológica do Precatório Federal Alimentar, com preferência ao alimentar e observância das prioridades estabelecidas na legislação em questão.
A outra metade dos recursos (50%), a critério de conveniência do governador do Estado, poderá ser utilizada para pagamento do Precatório Federal não Alimentar mediante leilão, acordos em câmara de conciliação ou por ordem crescente de valor. 
A primeira alteração relevante no sistema de pagamento de Precatório Federal Alimentar diz respeito à gestão dos recursos destinados ao pagamento dessas dívidas. No que tange ao regime especial os recursos disponibilizados pelo executivo para adimplemento do Precatório Federal Alimentar deverão ser depositados em contas especiais, que serão executadas pelo Tribunal de Justiça. 
Assim, no Estado de São Paulo, a primeira medida efetiva do presidente do Tribunal de Justiça do estado em respeito à sua responsabilidade funcional, foi indicar aos entes devedores as contas especiais nas quais os depósitos devem ser realizados referente ao Precatório Federal Alimentar. 
No entanto, a providência não resolve a questão, pois o ato do Poder Executivo em disponibilizar o recurso em conta especial não é suficiente para efetivação do pagamento do Precatório Federal Alimentar, que ainda dependerá de estruturação das novas listas de ordem, respeitando preferência, antiguidade e natureza do Precatório Federal Alimentar. 
Alerta-se que a insuficiência de recursos financeiros para liquidação imediata de todo o Precatório Federal Alimentar dos credores preferenciais não impede o início do pagamento obedecendo rigorosamente a ordem constitucional, apesar da inexistência de estrutura adequada. Portanto, o cumprimento da regra constitucional deve se iniciar pelo pagamento ao Precatório Federal Alimentar portadores de doença grave ou com sessenta anos ou mais, por ordem de antiguidade do Precatório Federal Alimentar. 
Outra questão relevante na Emenda Constitucional 62/09 é a que possibilita a utilização de até 50% dos recursos para cumprimento de precatório por leilão, ordem crescente de valor ou conciliação. O Governo do Estado, no Decreto Estadual 55.300/09, ressalvou que a forma de utilização desse percentual do recurso será informado oportunamente, a critério de sua conveniência. 
O ordenamento constitucional estabelece prioridade ao pagamento do Precatório Federal Alimentar de natureza alimentícia em decorrência de idade, com 60 anos ou mais, e de doença grave. A princípio denotam-se prioridades absolutas que, entre elas, será necessário estabelecer uma ordem, vez que o recurso disponível não será suficiente para atender a demanda. 
A Emenda estabelece que portadores de doença grave, definidas em lei, terão preferência ao pagamento do Precatório Federal Alimentar até o limite do triplo fixado para o crédito de pequeno valor, que é de R$ 18.641,43. 
Enquanto não houver lei específica para definir “doenças graves”, é perfeitamente razoável a aplicação do disposto na Lei Federal 7.713/88, que em seu artigo 6º, inciso XIV, apresenta rol de doenças consideradas graves para fins de isenção tributária. 
No entanto, outras hipóteses não abrangidas na legislação e não reconhecidas administrativamente poderão ser tratadas diretamente nos autos da execução, mediante provocação da parte, com comprovação da existência da enfermidade. Se houver convencimento do Juízo, ele poderá requisitar a inclusão na lista de pagamento com preferência sobre todas as demais hipóteses, por ordem de antiguidade na eventual escassez de recurso. 
Outra situação a ser observada diz respeito à preferência dos credores alimentares portadores de doença grave em relação aos idosos. Por se tratar de expectativa de vida, é razoável que o portador de doença tenha preferência ao de idade independentemente da antiguidade do precatório. 
O critério da idade é estritamente objetivo: o credor deve ter 60 anos ou mais até a data da promulgação da Emenda, nos casos dos precatórios vencidos, ou até a data da expedição, nos futuros. 
Acrescente-se que o benefício da preferência no pagamento poderá ser extensível aos sucessores, desde que o credor originário preencha os requisitos de idade ou doença à época de sua morte. 
Portanto, numa interpretação sistemática é possível extrair a seguinte ordem de pagamento:

1º credor do Precatório Federal Alimentar portador de doença grave, por ordem de apresentação de requisição judicial que reconhece tal prioridade ou antiguidade de precatório quando já reconhecido administrativamente;

2º credor do Precatório Federal Alimentar com sessenta anos ou mais, por ordem de antiguidade do precatório;

3º ordem cronológica de apresentação do Precatório Federal Alimentar para o Precatório Federal Alimentar do mesmo ano. 
O texto constitucional é cristalino no sentido de que a opção pelo regime especial de pagamento do Precatório Federal Alimentar não inclui o crédito de pequeno valor, que, portanto, continua a ser regulamentado, no âmbito do Estado de São Paulo, pela Lei Estadual 11.377/03.